常見有機質譜儀
有機質譜儀按其質量分析器的類型可分為磁質譜儀（單聚焦磁質譜儀和雙聚焦磁質譜儀），四極質譜儀，離子阱質譜儀，飛行時間質譜儀，傅里葉變換離子回旋共振質譜儀；按儀器分辨率可分為高分辨質譜儀（分辨率為≥50000），中分辨質譜儀（分辨率為10000～50000）和低分辨質譜儀（分辨率為≤10000）。雙聚焦磁質譜儀的分辨率可由10000 到100000 , 傅里葉變換離子回旋共振質譜儀的分辨率可達1000000，而四極質譜儀、離子阱質譜儀和飛行時間質譜儀都屬低分辨質譜儀。飛行時間質譜儀分辨率雖低，但其分析的質量范圍很寬，可分析分子量高達三、四十萬的蛋白質。
　　現代的有機質譜儀都帶有氣相色譜或液相色譜的接口，接口的詳細介紹可參見GC-MS 聯用儀和LC-MS 聯用儀兩節。
　　有機質譜儀的質量分析器可以將頭和尾串聯起來，組成MS-MS 聯用儀。在兩個質量分析器之間安置一個碰撞室，用第一個質量分析器作為分離手段，選出要研究的離子，送入碰撞室，使它與惰性氣體或選定的分子碰撞，然后用第二個質量分析器分析碰撞后產生的“子離子”，以得到有機化合物的結構信息。這種串聯質譜屬“空間串聯”方式。傅里葉變換離子回旋共振質譜儀可以只用一個質量分析器實現“時間串聯”方式的MS-MS 聯用。首先用激光脈沖把要研究離子之外的所有離子趕出回旋池，池中只剩下要研究的離子，然后將它激發到較大的回旋運動軌道，并使之與惰性氣體或選定的分子碰撞，最后再分析碰撞后產生的“子離子”�？梢远啻沃貜鸵陨线^程，可實現高達五次的多級質譜-質譜分析。離子阱質譜儀也可利用離子阱可貯離子和可進行質量分析的能力，實現時間尺度上的串聯質譜，它予離子產生、質量選擇、離子活化、質量分析在同一空間-離子阱內，也可在離子阱內多次重復上述過程，從而實現“時間串聯”的質譜-質譜分析。
　　離子阱質譜儀和傅里葉變換離子回旋共振質譜儀都可以將離子較長時間地停留在離子阱和回旋池中，用以研究各種離子-分子反應，并以此來研究有機化合物的結構和有機化學反應的歷程。
　　由于電噴霧電離可以產生多達數十甚至上百個電荷的多電荷離子，這樣就可以使質荷比（m/e）只能測到2000 左右的四極質譜儀和離子阱質譜儀也能分析質量數達幾萬甚至幾十萬的大分子，這也是近年來四極質譜儀和離子阱質譜儀發展很快的重要原因之一。
　　與四極質譜儀、離子阱質譜儀、飛行時間質譜儀和傅里葉變換離子回旋共振質譜儀相比，近年來磁質譜儀的發展速度緩慢下來。磁質譜儀在分辨率和精度上不及傅里葉變換離子回旋共振質譜儀；在質量范圍上不及飛行時間質譜儀；而在結構簡單、易維修、價格低廉等方面又不及Kratos 公司（前身為AEI公司）于1993 年停止了磁質譜儀的生產。
　　下表列出了傅里葉變換離子回旋共振質譜儀和雙聚焦磁質譜儀一些主要性能指標的比較。



　　下表列出了部分有機質譜儀的生產廠及型號，以供參考。

　　下表列出了部分有機質譜儀的生產廠及型號，以供參考。